只有极少数的患某种先天性疾病的婴儿不宜用母乳喂养。

如患苯丙酮尿症的婴儿由于体内缺少苯丙氨酸羟化酶，不能使苯丙氨酸转为酪氨酸，而使苯丙氨在体内堆积，严重干扰组织代谢，造成功能障碍，以致这类患儿智能落后，毛发和皮肤色素减退，头发发黄，尿及汗液有霉臭或鼠尿味。当确定小儿患这种病时应摄取低苯丙氨酸的饮食，虽然母乳中苯丙氨酸的含量较牛乳明显为低，但这些婴儿最好不吃母乳或仅吃少量母乳，而应摄入无苯丙氨酸的特制奶粉或低苯丙氨酸的水解蛋白质，再辅以奶糕及米粉，蔬菜等，并应经常检测血中苯丙氨酸的浓度。

还有一种疾病叫乳糖不耐受症，是由于体内乳糖酶缺乏使乳糖不能消化吸收，表现为婴儿吃了母乳或牛乳后出现腹泻，长期腹泻则会影响到婴儿的生长发育，并导致免疫力低下及反复感染，这时小儿也应暂停母乳或其他奶制品的喂养，代之以不含乳糖的配方奶粉或大豆配方奶。

如果母亲患有某些疾病如肺结核，精神病，恶性肿瘤等，她们的婴儿也不宜吃母乳。